John Sheppard était assigné à la base McMurdo, probablement à cause de son mauvais dossier (Sheppard a une fois défié un ordre direct et volé un hélicoptère pour sauver deux soldats pris au piège derrière des lignes ennemies.), et aimait bien la quiétude régnant en Antarctique. On lui ordonna de transporter le Général Jack O’neill jusqu’à l’avant poste des Anciens pour évaluer les progressions faites par l’équipe de recherche. Il y découvrit qu’il possède le rare gène qui permet d’interagir avec les technologies des Anciens, et que contrairement à la plupart des gens, son utilisation lui est très intuitive. Weir supplia O’neill de permettre à Sheppard de faire partie de l’expédition Atlantis, malgré son dossier terni par le fait qu’il avait désobéi aux ordres pour secourir deux camarades en Afghanistan.
Major dans l’US Air Force ainsi qu’un talentueux pilote, John Sheppard est le commandant de l’équipe de reconnaissance principale de la base d’Atlantis.Il a un sens de l'humour désabusé et aime faire semblant de paraître moins intelligent qu'il ne l'est vraiment. Sheppard fait de son mieux pour être un gentleman, mais il combat avec détermination : il envisage toujours toutes les solutions afin de ne pas prendre de décisions à la légère. Il se méfie de l'autorité et sa morale guide ses actions. Il voyagea jusqu’à la galaxie de Pégase avec l’expédition Atlantis sous le commandement du Dr Elizabeth Weir et devint l’officier militaire supérieur lors de la mort du Colonel Marshall Sumner aux mains des Wraiths. Il dirige l’équipe de reconnaissance principale lors de l’exploration de planètes extraterrestres par la Porte des Étoiles.